神盾局特工第二季剧集依然将延续第一季矛盾重重的情势，但远比第一季要黑暗的多。2014年9月23日第二季上半集正式开播，第一集"特工卡特"献身客串;与此同时，预告片也让粉丝们有机会一睹部分新成员资深特工“伊莎贝拉”以及“吸收人”的真面容，还有具有特殊能力的仿声鸟。除此，第二季充满了各种疑团。复活的Coulson还是原来的Coulson么，他服用GH-325后究竟看到了什么;换了发型和S.O的Skye的能顺利查探出她的身世之谜么，之后她将如何发展;被称为铁骑的May究竟知道多少Coulson的秘密;而失去了信仰的Ward又将何去何从，他该如何面对May与Skye;受伤的Fitz能否恢复天才大脑，暂时离开作为九头蛇卧底的Simmons能否逃过被洗脑的命运，GH-325为什么使千里眼和Coulson画出方尖碑上的图案，而方尖碑又拥有怎样的力量，Skye的父亲究竟是谁，一切谜团等待揭晓。

　　斯凯被外星人追杀梅在训练斯凯，斯凯担心自己过于用力而伤害了斯凯，菲兹也在一旁提醒她。亨特和芭芘两人商量未来，麦克找到库尔森，库尔森直言可以将他调到外勤。此时葡萄牙来消息，库尔森赶往发现了之前的老同事希芙女士，但是她已经完全丧失了关于过往的记忆。斯凯在网上找到一段希芙的视频，发现了她和一名陌生男人在码头打斗的场面。库尔森打算立马寻找该陌生男人。芭芘和斯凯在医院找到了该陌生男子的踪迹，没想到该人力量十分强劲，斯凯因为生气而发作，突然间整个房间震颤。斯凯将自己所见告知库尔森，库尔森十分好奇该人是谁。