庆长五年平田武藏（役所广司饰）与其好友本位田又八（奥田锳二饰）怀着一举成名的梦想，不顾家人反对，离家出走，打算参加西军前往关原。原来平田家和本位田家都是新免家臣，武藏之父无二斋（丹波哲郎饰）更是武艺出众，甚至名闻京都一带，不过由于主君命令，无二斋不得不设计杀害本位田家当家主外记之助，以至两家从此决裂。不过不管两家的世仇，武藏和又八两人倒是感情很好，共同协商在又八与阿通（古手川佑子饰）成亲前夕，一起离家出走。

第二回　关原之雨

　　虽然阿吟（新井春美饰）、阿通，还有又八的母亲非常担心，但庆长五年九月，平田武藏与其好友本位田又八仍然随军参加当时一战定天下的关原之战。由于小早川军临阵倒戈，导至宇喜多军全军溃败，也使西军十三万大军于半天之内，即全面败退。而武藏和又八也因此而受伤，陷于战场之中，无法回乡。

第三回　阿甲与朱实

　　关原之战大败之后，武藏和又八侥幸存活，并借居于战场附近人家家中。这家人家只有女主人阿甲和女儿朱实两人而已。两人在此养伤之时，家乡阿吟、阿通和又八之母仍痴痴盼望两人回来。武藏为保护阿甲和朱实，准备与山贼头领决一死战，这是武藏生涯中大小决战的序幕。

第四回　歧路

　　有一天恶霸过风典马（八名信夫饰）前来阿甲（草笛光子饰）家搜索，是否有藏匿任何可疑人物。因为担心对方可能会发动攻击，所以武藏与又八处于备战状态。后来敌人果真发动攻击，武藏与又八只身对付八名大汉。擅用战术的武藏很快的打败了头目过风，所有敌人杀得一点也不剩。不过他也同时发现自己能有今天，全是拜父亲所赐，他到现在才知道父亲对他如此严格，全是出自一番苦心。由于担心过风的弟弟会来报复，所以阿甲唆使又八与自己一起逃走。当武藏回来时，已经人去楼空。

第五回　战后之风

　　对于又八的不争气，武藏十分的伤心但还是准备回家乡告诉他的家人又八的消息。小次郎在母亲的忌日成功的完成了燕返刀，但狂妄自傲的他已经目中无人了，当晚关原之战的落败武士假装云游僧，被小次郎视破引发了一场争执。接手新免家属地的官差青木丹左卫门见道了阿通并惊为天人，而武藏在回乡的路上遇到官兵展开一场激战。

第六回　故乡无情

　　武藏好不容易回到了家乡，却因为一时激动杀死了差役，而成为通缉的对象。阿通发现武藏回来后，便马上去通知阿吟，但是阿吟因为怕武藏被抓，所以尽量保持低调。阿杉（铃木光枝饰）为想知道又八的下茖，所以硬逼阿吟交出武藏，但是什么都不知道的阿吟也无计可施，此举更令阿杉感到愤怒。为了抓到武藏，阿杉不惜报官，而且还建议将阿吟掀起来当人质，以逼武藏现身。

第七回　阿通乱笛

　　武藏独自回赞甘村，目的是通知本位田家的姥姥，又八还活着却与一个寡妇远走高飞的消息。阿杉姥姥却为了让又八脱罪，而吩咐权叔暗中通知官差来逮捕武藏。武藏虽然杀出重围逃走，却发现官府以姊姊阿吟的生命威胁他出来投案。在无计可施下，武藏气得大开杀戒，令全村陷入恐惧中。而又八的未婚妻阿通在这时接到又八及一个女人寄来的信，这纸诀别信令阿通探受打击。泽庵（津川雅彦饰）提出诱捕武藏的计划。官差青木（江原真二郎饰）嗤之以鼻，以泽庵的斥责更是脑羞成怒地要拔刀杀人。泽庵却透露自己是青木主君辉政候的知交，令青木当场不知所措。

第八回　泽庵的陷阱

　　又八的背叛令阿通深受打击，觉得前途一片黯淡。泽庵与青木说定若三天内捉到武藏，人就交由泽庵处置；否则就自缢于千年杉树。接着又要求阿通同行参与说服武藏就捕的计划，阿通只有答应。终于在入山后的第三天晚上，武藏出现了。被阿通的笛声与泽庵强力的说服下，终于束手就擒。三人回到村落后，武藏遭到村人的唾弃与攻击。为了让武藏彻底悔改，并消村人的气，泽庵提议将武藏吊在千年杉树上四、五天，让他在死前多受点活罪。此举令阿通不忍，认为泽庵不守信用。泽庵则怀疑阿通对武藏有情。武藏被吊在树上，仍不断咒骂泽庵，气愤不平。

第九回　千年杉之恋

　　武藏被缚，吊在千年杉树梢。泽庵发现阿通心中思慕着的人原是武藏，而阿通自己却一点没有这个自觉。桀骜不驯的武藏处处与泽庵对抗，使得泽庵决心非好好将之惩处不可。阿通再三哭求泽庵将武藏从树上放下，泽庵却坚决不允。阿通这才发现自己真正爱着的是武藏。阿杉前来探望阿通，并且要求阿通搬过去和她同住，阿通却与之虚与委蛇。一日，泽庵前往姬路而不在，青木丹左卫门（江原真二郎饰）趁机逼迫阿通答允嫁给他，阿通以考虑一夜为中，摆脱其纠缠。斯夜，阿通决心出走，先至武藏被吊之树下，切断绳索放下武藏，而后相偕逃入山里。

第十回　宿命之二人

　　怒不可遏的青木丹右卫门，为要缉拿武藏和阿通而使出全力。 阿杉为要寻仇而在权叔的陪伴之下，踏上旅途。武藏前来哨所，意图劫狱救出被关在里面之胞姐阿今，未料却中泽庵所设之陷阱而被逮。阿吟谆谆善诱武藏接受泽庵之教诲，获得重生。 泽庵护送武藏及阿通、阿吟之三人前往姬路城，途中遇阿杉、权叔时，对之诳言武已在中山岭由悬崖地茖死亡而将之摆脱。此时，另一名奇人佐佐木小次郎（中康次饰），因无法逞野心而在郁闷中度日，结果与前来访问之吉川家剑术教头诹访源左卫门发生勃溪而在比武中杀之斩杀。被关进姬路城一座角落里的武藏，开始接受泽庵所谓之“返回母亲胎内”试炼。

第十一回　泪洒花田桥

　　武藏被泽庵关进姬路城一座角楼里，开始接受泽庵所谓之“返回母亲胎内”试炼。泽庵劝阿通返回赞甘村，阿通却表示不肯，决定在花田桥畔茶亭边工作边等待武藏出来。阿通夜夜至角楼外吹笛，使武听得柔肠寸断。因为与诹访源左卫门一时起勃溪而于比武中将之杀了的佐佐木小次郎，遂成为吉川家藩士们寻仇的对象，藩士们前来寻仇时，经其伯母谢罪解围，小次郎因而免去再度开杀戒，并且离开生地岩国。被关三年之武藏终于被释出，并且在泽庵的陪同之下晋谒池田辉政候。辉政有意雇用武藏为家臣，武藏却以流浪各地习武为理由，将之婉辞。行前，武至花田桥畔与阿通会面，阿通苦苦哀求要跟随，武藏却对之瞒骗，迳自离去。

第十二回　京洛之春

　　阿通踏上寻觅武藏之旅已有一年。此时的又八（奥田锳二饰）正在京都为阿甲（草笛光子饰）所养，过着游手好闲日子。某日，又八清晨游罢归来，看到阿甲准备出门，一时醋劲大发而与之发生口角。原来阿甲是准备带女儿朱实（池上季实子）陪吉冈清十郎（藤堂新二饰）去看戏的。清十郎乃是京都首屈一指吉冈道场之第二代，因为时常至阿甲所开之酒楼喝酒，而对朱实一见钟情。踏上修剑之旅的武藏，此时正来到京都，并且得知京都第一剑客为吉冈道场之吉冈父子。清十郎之跟班祇园藤次，有意染指阿甲，因而唆使阿甲将女儿朱实嫁给清十郎，藉此与阿甲联手侵占吉冈家财产。 又八因受阿甲奚落而顿时怀念起武藏和阿通。武藏与剑士草薙矢聪相遇而起向吉冈道场挑战之决心。

第十三回　阳光暗影

　　武藏从卖茶的善兵卫那里证实父亲曾在将军面前打败吉冈拳法之子清十郎为第一个挑战对手是上天的安排。武藏研究过吉冈道馆的地形、路线后，便上门挑战。正好清十郎不在，门下弟子便接下挑战，结果被武藏打得落花流水。众门徒赶紧出去找清十郎回来，但藤次表示此人由自己设计诱到庭院收拾即可。于是率众打算围攻武藏。幸好在一旁偷窥而心生仰慕的男童青木城十郎及时来告，并带他逃出道馆。武藏逃到半路巧遇又八，匆匆叙过后继续逃亡。接着又看到阿通正为人吹笛，不禁怔在当场。

第十四回　人生何处不相逢

　　吉冈门徒追武藏追到柳生师傅所在的宅子，原欲入内搜查，却在得知柳生身份后立刻道歉离去。而在当场吹笛助兴的阿通，怀疑他们追的正是自己要找的武藏，心乱不已。城太郎（加濑悦孝饰）要求拜武藏为帅，武藏应允，但心中另有打算。他叫城太郎替他送信给又八及吉冈清十郎，与吉冈约定明年比武。由于发现自己是城太郎父亲的仇人，武藏决定不告而别，请善兵卫转告城太郎自己的旧名。城太郎得知仍不顾一切追上武藏，拜师之心丝毫不减。另一方面又八不甘被阿甲看轻，便偷了钱离开，打算追上武藏闯一番事业。朱实为此感到欣慰，便不予阻止。城太郎在追师途中遇到阿通，使阿通意外证实宫本武藏即自己要找的武藏。

第十五回　枪矢宝藏院

　　武藏来到奈良的宝藏院，发现有许多浪人到此地，与僧人对招练习次换取一餐饭。武藏看了浪人被僧人打得落花流水，正欲与之对招之际，代理师父出面阻止。而心中不服偷袭武藏的阿岩，却反被武藏一招打死。日观法师告诉武藏其武功剑术锋芒太露，应收敛之。并指点他去找柳生新阴流的开山祖师，见识空手夺白刃的绝技。武藏于是上咯，途中却碰到僧人与官兵联手驱赶浪人的一幕。武藏忍不住出手救下浪人，因而失手杀人，心中感到懊悔不已。

第十六回　芍药使者

　　武藏疗完伤后，出发前往柳生村。在柳生村的客栈，他遇到一群武夫，也是来向石舟斋（西村晃饰）领教的。后来意外发现这群人的头头正是京都吉冈道馆的二少爷。这批人求见被拒后，仍不死心。于是石舟斋派阿通前去送信传话，可惜吉冈少爷不受教，也未发现绑着信的芍药的奥妙。武藏意外看到这朵芍药的切口，发现是高手以绝妙剑法切断的，依然栩栩如生。心中想领教的念头就更热切了。在前往柳生府途中，武藏师发现吉冈等人蒙面拦截石舟斋，结果被柳生众属下击退，狼狈而逃。武藏对石舟斋表现自己的发现，石舟斋心喜之下邀他上府一歇。而武藏想挑战的念头更加炽烈了。

第十七回　柳生空手夺白刃

　　醉心习武的宫本武藏，这天偕同童仆诚太郎来到柳生宅邸，故意激怒柳生四天王，趁乱潜入内庭，经阿通以笛声引导，终于会见一代宗师，柳生新荫流开山鼻祖石舟斋，但是面对一个毫无防备，如沐春风祥和慈颜的老爷爷，他不敢相信自己的眼睛，他无法破解这种无心无我的境界，他被震慑了，眼睁睁的看着这位老爷爷悠然转身离去，他如被诅咒般，杵在原地动弹不得。由于石舟斋的开导，阿通决定追随武藏，便告别了石斋，来到武藏的住处等候他，武藏深恐儿女私情耽误练剑之道，不愿现身相见，强忍思慕之情悄然离去。武藏正为不能破解柳生‘无刀之刀’刀法而懊恼时，巧遇日前袭击柳生宅邸铩羽而归的吉冈传七郎（氏家修饰）、日下部兵马、高田军兵三人，武藏放话吉冈传七郎，要他带话给其兄吉冈清十郎，明春定会依约前往比剑讨教。此时又八的母亲阿杉与权叔来到了又八的姘妇阿甲的家，但阿甲态度至为冷淡，而又八也不知去向，两老只好悻然离开，原来又八正在大阪参与建城工程，无意中获得意外之财，外加当今名剑客佐佐木小次郎的剑术授证，好大喜功又懒散的他，便把它据为己有，冒充起小次郎来。

第十八回　爱恨季节

　　冒充佐佐木小次郎的又八，前往大阪欲投靠丰臣的武将－薄田隼人，但身上所有银两被赤壁八十马骗光，在得知赤壁平常在京城四条河边的赌场出没，便前往讨债，而与沦为赌场保镖的诚太郎父亲－青木丹左卫门交锋，并遭赌场喽啰围殴，郤巧遇其母杉婆婆及权叔叔，恨铁不成钢的杉婆婆当街怒扙又八，嗣后再将又八接回客栈安顿疗伤，母子情深感动了青木虎五郎善兵卫等人，又八以所拾获武功授证诳称习艺有成，杉婆婆不忍戳破其谎言又不屑其行为，至为矛盾痛苦，斯时得悉爱子诚太郎已拜宿敌宫本武藏为师，恼恨的青木丹左卫门独自在客栈门口喝闷酒，杉婆婆便去找他借酒浇愁，两人对酌起来。朱实与姊妹淘一行人到住吉海边游玩，未几阿甲带着吉冈清十郎等人加入，原来这趟旅游是由吉冈出资的，为的是要讨好朱实，众人在狂欢一阵后，有三个武士亦即清十郎之弟传七郎等人，前来告知武藏之传言，清十郎为之大怒，在阿甲之设计下清十郎终于强污了朱实，朱羞愤之余走向大海。武藏因腿疾发肿痛苦万分在山中爬行，阿通与诚太郎为寻找武藏在伊势路上前进。

第十九回　忘情贝

　　在行驶于阿波大阪间的便船上，佐佐木小次郎因与祇园藤次起勃溪而斩下其发髻，两人因而结了梁子。被吉冈清十郎蹂躝了的朱实，决心一死了之而入海，却为清十郎所阻。阿甲母女因此而起争吵，两人甚至于大打出手。受了刺激的朱实，精神陷于恍惚状态。登陆后的小次郎为吉冈门弟所包围，适时路过的朱实要小次郎斩掉清十郎，却幸未起打斗。另一方面，至铃鹿山中造访带锁链镰刀高手梅轩（黑泽年男饰），欲与之比武的武藏，因脚部创伤化脓而陷于危急状态，经马夫运至梅轩居处，并且由其妻给予治疗。梅轩发现宫本武藏原来是杀死其胞兄过风典马之仇人，而武藏也为此一奇遇觉到愕然。

第二十回　必杀锁链鎌刀

　　武藏在梅轩家受其妻阿七疗伤后，翌日中午醒来后，与阿七聊起天来。谈话间，阿七已窥破武藏之身分，武藏则设计使阿七摆出带锁链镰刀术架式，因而有了应对之构思。梅轩找武藏单挑，结果不敌，承认被打败。武藏不忍心将之斩杀，迳自离去。此时之阿通正在伊势神宫公馆，以教神宫巫女们吹笛术和插花术度日。一日，阿通从一名巫女口中听到神路山后山住有一名脚部受伤之在修剑旅途上武士，就在城太郎的陪伴之下，入山寻觅，而最后找到小木屋时，武藏却已擦肩下山离去，小屋柱上空留许武藏剧下的阿通名字。

第二十一回　风云五条大桥

　　武藏返回京都来，知道与吉冈之决斗将于正月九日举行。朱实与小次郎就武藏与清十郎之决斗谁赢谁输一事打赌。阿杉至吉田山下武士住宅街寻访到武藏之姨妈阿牧，告以对武藏必须有所提防。武藏在五条桥下时，为阿杉跟踪而至，旋将之击昏，捆绑于该处后迳自离去。不久后，刚抵达京都的阿通和城太郎来到现场，立刻为阿杉松绑，而阿杉却拔出短刀要胁要杀阿通。

第二十二回　悲惨清十郎

　　武藏与吉冈清十郎之决斗时刻即将来到。决斗前，清十郎允诺叔父壬生源左卫门绝不会有卑鄙行止。朱实为要观看决斗而由家里冲出来至现场。阿通在阿杉拖拉之下也来到现场。泽庵和尚也适时来到。决斗结果，清十郎右臂被砍，倒地不起。斗弟们寻去欲为之报仇，却为小次郎所阻。决斗后，武藏立即离开现场，阿通又苦苦赶追。武藏在野原中无意间邂逅正在摘嫩草之本阿弥光悦（石阪浩二）母子，并且获得极大启示。武藏一时间沉缅在童时之回忆里。

第二十三回　雪舞三十三间堂

　　泽庵寄寓乌丸公馆时，阿通和城太郎适时来到。被本阿弥光悦收容之武藏，经一席倾谈，变得与光悦甚为意气投合。是夜，光悦带武藏至烟花柳巷冶游。吉冈众门弟赶至，提出传七郎与武藏决斗之要求。泽庵因松尾夫人阿牧之透露而得知武藏此刻正在本阿弥府邸栖居，因而立刻前赴寻访。正在青楼饮酒之柳生宗矩（竹协无我），得知吉冈一派准备向武藏挑衅后，有意将之庇护，遂命令花魁吉野（高桥惠子）将武藏带回住处，与之温存一宵以避祸。而武藏却毅然决然丢下吉野，前往下着雪之三十三间堂与吉冈传七郎决斗。结果，武藏将传七郎击倒，后武藏之叔父壬生源左卫门则提出以嗣子源次郎为名义二人，拲行决斗之要求。

第二十四回　生死一路

　　于莲华王院三十三间后与吉冈传七郎决斗，武藏此夜寄宿于扇屋后栋别屋。翌日，武藏已在专心临模画鸡。吉野太夫在聊天中，已愈发对之倾心。佐佐木小次郎适时来访。晤谈中，小次郎口出"等你打垮吉冈后，我将打倒你而获得天下第一之名"之语。阿通此时来到吉野居处，瞥见吉野与武藏甚为亲昵之模样而负气掉头折返。临别，吉野托武藏带一张纸条交给阿通，上面之词句告白的是，自己虽对武藏有好感，但两人之间的关系却绝对清白。祇园藤次见主家没藩，遂与阿甲联手偷清十郎一、两藏款远走高飞，临走还杀死吉冈门弟民八。武藏寻至姨妈家，最后晤见阿通，并且转交吉野之纸条。阿通承认自己的误会，却无法挽留武藏。

第二十五回　一乘寺垂松

　　阿通和城太郎为了要看决斗场面，一路走向一乘寺前来。吉冈清十郎力劝壬生源左卫门中止决斗，源左卫门却执意不允。在社祠里等待的朱实，终于遇见武藏，遂央求将之带到异乡一起生活，而武藏却告以自己心中已有阿通，并且绝袖而去。又八路遇佐佐木小次郎，自己冒牌货之身分因而被揭穿，并且受到羞辱。又八因而奋起，决心豁出去为武藏助一臂之力。 决斗结果，壬生父子双双被杀，武藏虽然后悔无意中斩杀源次郎，也只有拼死一斗，打开血路逃走，赶到之阿通，看到源次郎尸体，而大喊残酷。

第二十六回　瀑布之恋

　　于在一乘寺之决斗后，在比叡山中彷徨的武藏，为千日回峰行者玉照所搭救，并且被抬进千照院。武藏因玉照之感召，对悟道遂渐获得启示。阿通和城太郎寻至比叡山来，却因为是女人禁地之故，不得越界而入。山门众僧以规定为理由，不许武藏被收留在寺中，因而群情哗然，几乎发生围殴事件。武藏唯恐连累玉照，遂决定下山离去，行前却被众僧没收其刀剑，并且遭毒打。玉照称此为法难。在下山的路上，武藏与小次郎相遇。小次郎见武藏未佩刀而未与之比武，并且告知又八之所在。武藏与又八邂叙旧。又八道出欲前往江户谋求发展，武藏表示赞成，两人遂分秧离去。

第二十七回　漂泊流转

　　宫本武藏与阿通、城太郎一同前往江户，但武藏却因先前冲动示爱遭拒，而与阿通十分尴尬。结果阿通落单走在后面却巧遇又八，又八想与阿通重修旧好，但见阿通已心属武藏，在忌妒之余咬伤阿通，并绑走阿通。武藏担心阿通到处寻找，又八为避开武藏追寻，与阿通不慎地落谷底。武藏遍寻不着，一心以为阿通负气离去，便带城太郎在薮原等候，却见城太郎之父丹左卫门遭权之助（三浦浩一饰）欺负，武藏出面打败权之助，而权之助则回去带老母阿凛前来报仇。

第二十八回　梦想流杖术

　　权之助带着母亲阿凛去找武藏等人报一箭之仇，但在得知武藏就是打败京城吉冈一族的名剑客后，阿凛要求武藏与权之助比武，结果武藏虽险胜，却自称被阿凛识破破绽而输，阿凛感佩之余，要求武藏收权之助为徒弟。朱实被吉冈清十郎玷污，母亲也与男人私奔后，心如槁灰，与到江户为妓的女子同行，小次郎因不忍朱实如此自暴自弃，要朱实跟他走，但朱实没有答应，不过朱实也从此自女子行列中消失。而遭又八纠缠地谷的阿通，被又八押往伊那，幸好途中巧遇柳生宗矩侄儿兵库（宅麻伸饰）获救。而这爱恨情仇纠葛的人均向山岭的另一边新天地江户迈进。

第二十九回　江户新天地

　　幕府将军德川家康奠都江户（今东京）并大兴土木筑城，整个江户地区充斥着由全国各地来此工作的工人，一时之间人口激增，呈现出一片活力耀动的新景象。杉婆婆与佐佐木小次郎，前来江户并住宿在工头半瓦弥次兵卫家，半瓦将杉婆婆奉为母亲至为尊崇，而杉婆婆亦时常苦口婆心劝半瓦与小次郎要行善。某日佐佐木小次郎在路上瞥见阿光（小林麻美饰），惊为天人，尾随至其家，阿光的父亲小幡勘兵卫景宪，是甲州流军学的创始者，现为德川家的家臣，正卧病在床，闻有剑客来访，派门徒以礼相待，小次郎自恃武艺高强，口出狂言，门徒乃与之比武均皆不敌，门徒不忍师门受辱谋议报复，却反被斩杀二人，适阿光之未婚夫北条新武藏与其弟余五郎，回程路过乃与小次郎约期决斗，然小次郎心中却暗自将这一切归咎于阿光的出现。阿通为了找寻武藏也来到了江户，因长途跋而病倒住进柳生府邸养病，柳生兵库介悉心照顾暗生情愫，但深知阿通对武藏情有独钟，心情极为复杂。武藏与权之助相偕来到法典田野垦荒拓芜某夜突遇一少年来借锄头欲埋葬其父，由少年之笛套认出此少年乃阿通之弟伊织。

第三十回　法典平原的反击

　　宫本武藏与梦想权之助两人来到法典平野从事农耕以后，已经一年多，由笛袋确认三泽伊织为阿通之弟弟后，征得权之助之同意，收留伊织并传习武艺。另方面佐佐木小次郎，因为求职不顺遂正在郁卒之时，接获阿光未婚夫北条新武藏及弟弟余五郎之挑战书，阿光深知他们绝非小次郎之对手，心急之余偕同婢女阿柳前来小次郎寓所，恳求小次郎勿赴约，恰巧杉婆婆半瓦及工人们均已外出，小次郎便趁机玷污她，俟回家后新武藏与余五郎发觉阿光神情有异，诘门之下，已料知大概。一日，伊织得知村落又遭野武士袭击奔告武藏与权之助，三人相驰往村落，几经武藏苦口婆心，村民终于首肯共同退敌，在武藏策划之下，村民用盐巴、砂砾做成小包包，攻击野武士之眼睛，此次战役，武藏手刃沦为野武士的赤壁八十马，并与野武士首领单挑而诛之，从此村落得于安居乐业。武藏目睹村民久被欺压，一旦反扑报复时之凶残令人悚然，此因此幡然彻悟天道之不可违，于是偕权之助、伊织悄然离去。

第三十一回　武藏进江户

　　长冈佐渡是丰前小仓城主细川忠兴之首席宰相，每年都要到下总国葛饰法典平野的德愿寺来渡假，这次从住持了然和尚闻知武藏鼓励农民共同御敌的故事，心中至为感佩，认为在此世事纷扰，各地诸侯正需武将人才之际，只要是稍有本事的人，那一个不图高官厚禄，而武藏却甘愿替那些贫困的农民卖命，如此胸怀与胆识，叫人折服，为国举才，他立刻赶往武藏住处，但武藏却于早一步离去，因而未能会晤，但宫本武藏四字已深印心中。改头换面的又八，在日本桥附近的一家药草批发商工作，因为工作勤奋又娴熟簿记，很受老板器重，朱实自遭清十郎玷污后，自暴自弃，竟流浪至江户沦为流莺，无巧不巧地又与又八相遇，又八将其接回家中，朱实自叹残花败柳无颜见武藏，日夜烧酒，又八见状勾起前尘往事，不禁悲从中来，乃至相拥抱头大哭，虽是名义上的父女，在激情中逾越伦常。武藏与伊织两人离开法典平野来到江户，由旧识木阿弥光悦得知阿通行踪，立刻赶往柳生府邸，但阿通却于清晨离开前往江户柳生故里探视生病的石舟斋，两人再度失之交臂。

第三十二回　小次郎腥风血雨

　　与阿通缘悭一的武藏与伊织两人，暂时寄住于柳生家，名僧泽庵造访细川时，受少主忠利公之托，却网罗武藏为兵法指南，但武藏无意仕途，乃顾左右而言他。细川家首席家老长冈佐渡，闻悉武藏已来到江户，便带着从仆前往拜访，并设计使武藏许下三日后殿前比武之言质。 但武藏厌烦复杂的人际关系，又不愿为谋职而与其他剑客兵刃相见，遂于翌日偕同熊五郎等人，前往秩父关赏有名的三峰神社之祭典。自从横遭灾祸损失了两门门徒，小幡兵学所已一厥不振，阿光被玷污后，不敢面对北条近武藏，但新武藏不明就里，误以为阿光对他之疏远，乃因怪罪自己无力挑大梁，振兴小幡兵学所，公愤私仇于是决意报仇，会同余五郎以及兵学所门徒等人，偷袭小次郎，但反被斩杀数人，正在紧急之际，武藏惊闻枪声而至适时阻止小次郎下毒手，并陪同受伤的新武藏等人回到小幡兵学所，始知小幡兵学所与小次郎之过节始末。阿杉婆婆探知武藏住所后，怂恿半瓦率同弟，前往袭击，但武藏已离开居所前赴秩父途中。改头换面的又八决心向善，朱实自与又八有了肌肤之亲后，一心从良，两人相敬如宾恩爱异常，但又八虽在药草批发商工作半年余，却从未见过主人的面，主人名叫奈良井屋大藏，表面上是药草商，但对于宫本武藏这个人似乎很有兴趣。

第三十三回　危险赌注

　　侠客半瓦由手下口中听悉小次郎强暴小幡女儿阿光之经过后，大为动怒，决定对小次郎小逐客令。小次郎访问小幡勘兵卫对发生之不幸表示歉意，并且提出娶其千金阿光之请求，却为勘兵卫不理睬。御前比武的结果，小次郎得头筹，家老佐渡却对其人物存有疑虑，经说明一切后始首肯录用事。又八受良井号大藏之胁迫，最后在钜金诱惑之下答应加入盗贼党羽。又八抱着钜额前金回家之清晨，看到小次郎走马上任之情景，为了急欲发迹因而决心豁出去，什么恶事都可以干。进入秩父山的武藏和伊织，巧遇城太郎父亲青木丹左卫门，并知道城太郎刻正为盗匪手下。

第三十四回　秩父事件

　　青木丹左卫向武藏叙述与儿子失散之经迥，并且怀疑城太郎似乎为巨盗奈良井号大藏所利用，正在担任其手下。梅轩突然出现阿甲和祇园藤次面前，胁迫两人帮助劫取三峰神社财宝事。武藏等人为要诱出城太郎，决定演出打拳卖膏式闹剧。结果城太郎虽然出现，却不欲与将自己抛弃之师父和父亲谋面，因而消失。梅轩指使阿甲和藤次潜入三峰神社盗出钜款，正在埋藏钱财时，发生内讧而将藤次杀死。接着梅轩为适时出现之武藏所斩，而阿甲则为大藏所杀。但武藏因此而被关进牢里。

第三十五回　刺杀将军

　　柳生新阴流的开山师石舟斋临终之期已近，孙儿兵库介及阿通赶来见他最后一面。石舟斋在临终前教了孙子空手夺白刃的绝招。而身在江户的宗矩也梦到父亲，心中惴惴不安。武藏弟子伊织求见宗矩，拜托他帮忙洗清师父强盗的嫌疑。泽庵于途中巧遇城太郎，城太郎透出又八准备刺杀将军的消息，令众人心惊。就在又八假扮成工匠混入城中，准备以预藏的洋枪行刺时，武藏出面阻止，及时晚回局面，未让野心人士图谋成功。

第三十六回　梦想幻灭

　　半瓦怀疑井户屋等人为何一去不回，打听之后发现姥姥儿子又八企图暗杀将军，以致拖累大家被官府居留。姥姥再度误会是武藏害又八被捕，恨意更炽。武藏亲访朱实，为了让朱实安心，撒谎说又八因公迟归。另一方面，在奈良井屋企划接下来的阴谋时，柳生部下已找上门。在激战之后，奈良井屋终于当场丧命。武藏也找回了迷失的徒弟城太郎。朱实终于得知又八被捕的消息，坚持与武藏一起进城。将军特别开恩，判决又八受庭杖百下，逐出江户。又八之母赶赴受刑现场，亲眼见儿子受苦，并得知又八即将有后之事，当场觉得自己之非，要又八原谅自己没教好他。

第三十七回　黄莺报喜

　　被重打一百打皮并被逐出江户的又八，只好前往鎌仓禅寺投靠，而怀有又八骨肉的朱实也尾随而去。此时泽庵为青木丹左卫门及城太郎带来好消息，丹左的前主公池田政辉嘉许丹左等人制止叛变，因此允许丹左复职，于是丹左与城太郎一同返回池田家。而小次郎也带着妻子阿光前往细川家任职。武藏则自法典原开垦以后，开始对政治有兴趣，因而辞退细川家的礼聘，最后在宗矩及泽庵等人的力劝之下，答应前往德川家仕宧，以推动非武力的新剑道。阿通在柳生家与兵库介渐生情愫，兵库介因阿通满足于武藏说"心里的妻子"一语十分气愤，进而要求阿通做他的妻子，令阿通大为惊慌动摇。但阿通在接获武藏在江户宗矩家及寻获弟弟伊织的消息后，已决定赶往江户。

第三十八回　显达之门

　　得知武藏在江户柳生家后，阿通伤心的告别照顾她多时的兵库介赶赴江户，但还是晚了一步。此时武藏已前往酒井备后守大人府邸面谈，但武藏等了一整天，酒井却告知他因阿杉向其他老中告状，使得武藏仕宧一事告吹，武藏在帮酒井绘下一幅画后，悄然离去。伊织伤心之余愿与阿通相认，后来受阿通温情的感动，两人终于冰释。

第三十九回　独行道

　　武藏在将军家的仕途无望，就从江户及亲近友人面前消失无踪。为了解惑，原本闭关山中的他，后来又出现在乡里中，而心中的疑惑也越来越加重。有一天他不知不觉的来到了自己的故乡，这里的景物依稀，几乎完全没有变。回到睽违已久的家中，他竟然发现原以为已去投靠亲戚的姐姐阿吟竟然还在家里面，而且她明天就要出嫁。感到非常愧对自己姐姐的武藏，不敢见阿吟就离开了。后来他在路上碰到与愚堂和尚正在进行修行之旅的又八，他已经洗心革新，改变了很多。当武藏得知又八的师父是著名的愚堂和尚，便要求愚堂和尚为他解惑，结果愚堂和尚留下了一句话，还将他框在一个圈圈里面，要武藏想通这一席话以后才可以离开圈圈。

第四十回　苏醒之剑

　　为了要解决疑惑，武藏反覆思索愚堂和尚所说的话，最后他终于想通，他发现自己只有继续战斗，才能够继续生存下去，身为一名剑士，他的人生就等于战斗。于是为了锻练自己，他彻底消失了踪影一年半之久，一直在山中闭关修行。后来武藏出关下山，开始寻找佐佐木小次郎，以实现与其决斗的约定。正当他出现在佐佐木家附近的时候，碰巧遇上以前曾经与他决斗而落败的京八流师父吉冈。自从败在武藏手下以后，他便剃度为僧，现在到处云游四海。当他知道武藏想与小次郎决斗一事，便出面开始阻止，但是武藏与小次郎却执意要进行这场决斗，于是两人说好日期，只等决斗之日来到。

第四十一回　阿通受难

　　武藏与佐佐木小次郎，已经订下决斗的日期，两人也为了这场决斗，做着最后的准备。因为还有一个月的时间，长冈佐渡（田村高广饰）说服武藏，这个机会去看看阿通。原本不答应的武藏，经过长冈的说服以后，终于答应去见阿通。没想到武藏来到阿通养病的荼店，却得知姐姐阿吟重病，所以派人来接阿通去见她最后一面的消息。这对武藏言可说是晴天霹雳。于是他便马上启程去找姐姐阿吟，不过却发现阿吟安好无事，而且阿通也不在阿吟家。原来是本位田的阿杉婆婆所设下来的圈套，她为了要阿通跟自己住，才会想到这意。后来阿通得知阿杉婆婆的古心，所以答应与其同住。没想到半路上权叔（今福将雄饰）说要放走阿通，阿杉婆婆非常生气，权叔与阿通也不慎跌入山崖。

第四十二回　世之潮路

　　武藏将掉入山谷的阿通救起以后，就一直待在姐姐阿吟的夫家照顾阿通。不过眼见与小次郎的决斗的日子就要到来，虽然十分不舍得离开阿通，但是为了遵守决斗的约定，所以武藏只有忍痛启程。武藏为了搭船来到，然后在这里与旧识泽庵师父、光悦、莲庵相遇。

第四十三回　旧时战友

　　武藏与佐佐木小次郎决战的日子已经快到了。为了确定武藏是否如约前来，细川家派了许多家丁在各地的港口看守，但是却迟迟不见武藏的踪影。为了隐人耳目，其实武藏已经秘密来到小仓，但是小次郎却完全没有发现。武藏在海边思考接下来要怎么做的时候，突然发附近有人一直注视着他，对方似乎是细川家的家臣。后来经过一番询问以后，发现这些武士竟是以前曾经在关关之战中，与武藏并肩作战的新免六人帮。原来他们在战争结束以后颠沛流离，最后才投靠细川大人。能够见到旧时的战友，武藏感到非常高兴，而新免六人帮看到武藏如今出人头地，更是感到十分荣耀。此时在另外一艘上，阿通正抱着重病赶来见武藏，她是否能在决战之前及时赶到呢？

第四十四回　爱之海峡--决战前夜

　　明天就是武藏与佐佐木小次郎决战的日子，武藏也已经来到小仓准备应战。由于明天就要面对生死之战，所以小次郎与武藏都非常紧张。要在决斗之前见武藏一面，阿通抱着重要搭船赶来，只希望能见武藏一面，但是船的行驶速度似乎不快，不晓得阿通能否及时赶到。此时有一个武藏很熟悉的人出现在小仓，他就是武藏儿时玩伴又八，原本决定遁入佛门的他，由于承受不了修行的痛苦，因此再度展开流浪生涯。而曾经身怀又八小孩的朱实为了来找又八，也来到了小食。又八在此不但与朱实重逢，同时也见到了自己的亲生女儿小桃，重舍失去的家庭幸福。原本十分焦躁的小次郎，也在决斗的前一天晚上与妻子阿光间的误会完全冰释，无忧无虑的他，心情也变得非常平静，准备迎接明天的决斗。

第四十五回　决斗岩流岛

　　终于到了武藏与佐佐木小次郎决斗的日子。小次郎整理好仪容，准时来到船岛等待武藏的来临。但是武藏到了决战时刻却迟迟不出发，而且还非常悠闲的开始作画。在决战地点等得十分焦躁的小次郎，已经快要失去耐心，心想着这一定又是武藏的诡计，虽然明知如此，但是还是耐不住性子要发脾气。原本以为武藏是想离阵脱逃，所以迟迟不出发，其实武藏心思十分细密，他是在等待潮水停止，这么一来只要他一打赢小次郎，就可以乘着退潮潮水火速逃离现场，以避开追兵的追杀。也因为如此，原本就迟来的阿通才有机会在决战之前见武藏一面。武藏依照计划，终于出发前往船岛，一看到武藏现身，期待已久的小次郎马上向前挑战。武藏与小次郎之间的世纪之战，到底会由谁得胜呢？