同一条船上的同班同学，也是小兰最好的朋友园子，因为晕船被送到船舱内的一个房间里休息，离开房间前新一叮嘱园子在内把门反锁，除了自己来敲门一律不要开。

　　正当新一认为万无一失的时候，园子却从本来是密室的房间里消失了。整条船的人于是展开搜索活动，努力寻找园子的身影，此时小兰发现园子头上的发箍出现在不远处的水面上，难道园子竟然掉进湖里去了？

　　一群人惶惑不安中，船长冷静地作出了判断，把船停返岸边，老师等人也立刻报警。搜寻园子的行动正式展开。

　　新一本来打算帮忙，但负责此案的多摩川刑警，却是个最讨厌侦探的人。新一于是决定自己独自寻找，当天晚上新一回到案发现场搜寻线索，没想到小兰不放心园子也来了。经过一番查探，新一自信地告诉小兰，园子虽然遭到了绑架，但并没有死。

　　绑架犯表示第二天中午12点以前，还会绑架新一班上一个人。这次新一选择跟警方合作，多摩川警官于是专门准备了一个只能从内打开的密室，并利用警方人力进行三重保护的房间给新一班上所有人。

　　时间接近正午，当所有人以为万无一失的时候，整栋大楼却突然停电，等灯再亮起的时候，小兰已经失踪了！

　　绑架犯告诉新一，如果他不在12小时内找到小兰和园子，她们就会被炸死。

　　小五郎怀疑船上的水手南田就是犯人，两人于是去他家寻找线索，没想到南田已经上吊自杀了，还留了遗书坦白自己就是绑架犯。但新一却发现他不仅不是自杀，而且是被绑架犯灭口的。

　　另一方面，清醒过来的小兰和园子发现自己所在的地方有定时炸弹，小兰想办法让园子逃了出去报信，可惜园子却在刚走出房子的时候再次遭到犯人的袭击。

　　新一终于找到了小兰被关押的地方，真正的挑战者也出现了，她就是西田麻衣。原来最近新一帮助警方破获的案件中，被捕的那个犯人，就是麻衣的男朋友。

　　紧要关头，新一用小五郎丢进来的足球踢掉了麻衣手中的枪，更把炸弹从天窗扔了出去，救回了小兰。

　　接下来发生的，就是新一和小兰一起去游乐园玩，新一受到黑暗组织的袭击变成小孩的故事了。