酒会现场发生山崎总经理被害事件。解决这个事件的是以福尔摩斯式的推理能力而声名大噪的高中生侦探——工藤新一。某天，新一和自己青梅竹马的同班同学毛利兰相约到游乐场游玩时，意外的在云霄飞车上遇到了杀人事件，在新一的推理下，很快协助警方破了这个案子。不过，这时有两个黑衣人的身影进入了新一的视线……

第2集 董事长千金绑架事件

　　在现场目击黑衣男子犯罪的新一遭袭击昏迷，并被强灌不知名的药。这是尚未研制成功的神秘毒药，导致新一身体神奇般的变小了，求助邻居阿笠博士，阿笠博士又将他委托给了－－担心新一是否回家而过来询问的小兰照顾。也因此，他帮助兰的父亲：毛利小五郎顺利的侦破了他半年来的第一件工作——"董事长千金绑架事件"。

第3集 偶像密室杀人事件

　　阿笠博士发明了可以任意变换声音的蝴蝶领结变声器交给柯南。小五郎也接到了自己所崇拜的偶像歌星冲野洋子的委托，对近期发生在自己身边的骚扰事件进行调查。但是，却意外地发现洋子所住的房间里躺着一具死尸……

第4集 大都会暗号地图事件

　　柯南、步美、元太、光彦一行人去参观东都美术管的世界宝物展。元太在美术馆前面，捡到一张画着暗号的地图，大家一致认为那是张藏宝图，经过柯南的推理及一波三折的寻找后，终于找到了金币的藏匿点。但是，此时意大利的强盗集团也出现了，称那些金币属于他们，柯南他们也因此陷入了危机……

第5集 新干线大爆炸事件

　　小五郎去京都准备参加朋友的婚礼。在新干线列车内柯南窃听了黑衣男子的对话、听见与他们将放有设定炸弹的箱子交给了与他们交易的人，并将在那个人不知情的情况下会引爆炸！这会是一班驶向地狱的列车吗？

第6集 情人节杀人事件

　　一年一度的情人节又到了，小兰接到同学铃木园子的邀请参加情人节的宴会，没想到又遇到了杀人事件，在柯南的推理之下，找出了真正的凶手，而小兰所准备的巧克力并没有送出去，因为那是为新一所准备的。

第7集 每月一件礼物胁迫事件

　　小川医生这两年来不断收到未署名的钱和玩具，实在是不知道来历，所以前往毛利侦探事务所求助。在柯南的推理之下，于千钧一发之际成功解救了小川医生的孩子。但是，小兰却开始怀疑起柯南的真实身份了……

第8集 美术馆杀人事件

　　城中美术馆冒出中世纪盔甲会自己走路的传闻，引起了小兰浓厚的兴趣，打算一探究竟，没想到却意外地发现美术馆在一周后即将关闭，更加意外的是，未来的美术馆所有者竟然被杀了，又是一桩扑朔迷离的杀人事件……

第9集 天下第一夜祭活动杀人事件

　　毛利一行人前往埼玉县观赏天下第一夜祭活动，突然有一名自称世井的作家，请小兰替他拍照，而他正是四十几分钟前，一桩枪杀案的嫌疑犯。但是他却拥有完美的不在场证明的照片，这是怎么一回事呢？

第10集 足球选手恐吓事件

　　一天，一个自称是新一女朋友的女孩量子前往毛利侦探事务所，此举引起了小兰极大的反感。其实量子是因为受委托看护的著名足球选手赤木英雄的弟弟：赤木守被绑架，但是又迫于绑匪的压力，不敢惊动警察，才出此下策的……

第11集 钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件

　　奇妙的委托函送到小五郎处。委托人声称为“月影岛的麻生圭二”的人物。但是当小五郎等到月影岛去查看时，得知麻生圭二其人是已于12年前死去的钢琴家。他们为了详细调查当时的关系人到公馆里问话，但那里却有数位岛上的资产家被杀。而且，还是在麻生圭二至死时所弹的“月光”的音乐声中……恐怖、悠扬的钢琴乐声在月影岛上响起，神秘的复仇行动就此展开！

第12集 步美绑架事件

　　柯南和步美他们一起玩捉迷藏的游戏，步美躲在一辆车的后车厢中，没想到竟然睡着，元太一直都找不到步美，最后柯南终于用无线电和她联络上，但步美却在车的后备箱中发现了一个人头，刚好此时有件连续绑架少女杀人事件，柯南怀疑那辆车的两个男人，就是那个事件的歹徒……

第13集 奇怪的寻亲杀人事件

　　报纸刊出有关十亿元的抢劫事件之后不久，毛利侦探事务所来了一位自称广田雅美的女学生，请求寻找她的父亲广田健三。当毛利找到这位父亲后，隔天却发现广田健三死了，这到底是怎么一回事？与此同时还有另外一位高大男人，也请求另一名戴墨镜的侦探，寻找广田健三，但是，他们所说的背景却都不一样，两者之间有什么联系吗？

第14集 迷样的讯息阻击事件

　　柯南和步美他们一起在河边玩耍，结果目击到一件狙击事件：有人用来复枪射击湖面模型快艇带动的气球。当柯南到达对岸废弃楼房的楼顶时，却捡到了一个记录有一连串神秘数字的计算器……

第15集 消失的尸体杀人事件

　　少年侦探团为了要寻找一只猫，而无意中闯进一幢公馆中，结果却在浴室中发现一具尸体，他们立刻通知警方，可是，警方到达现场后，尸体却神秘失踪了……

第16集 古董收藏家杀人事件

　　毛利小五郎受古董收藏家丸传次郎之托，调查他太太丸稻子是否有外遇。结果遇到传次郎有客人来拜访，但是，两三个小时过去了，仍然不见传次郎的踪影……

第17集 百货公司挟持事件

　　少年侦探团到商场看假面超人秀。在回去的路上，元太为了拿回忘在商场里的假面超人签名，被关在了已经打烊的店里。谁知人潮已散去，外表看似寂静的百货公司实际上却一点也不安静。戴着面具的人偶挟持了警卫和工作人员，看似单纯的强盗事件，幕后竟还有共犯，遇上了强盗集团的少年侦探团正陷入极度的危险之中……

第18集 六月新娘杀人事件

　　柯南和小兰一起去参加初中老师的婚礼，没想到婚礼还没有开始，老师就被人蓄意下毒而生命垂危。松元老师有一个习惯，就是非常喜欢喝柠檬茶，因为那是她小时候的初恋情人，最常拿给她喝的饮料。在柯南的推理下，最后终于让凶手现出原形，但是却也道出了一段令人心酸的往事……

第19集 电梯杀人事件

　　户屋英子为服装界的名设计师，但是她所设计的服装却抢先被其它的厂商发表上市，明明知道是她的秘书盗取商业机秘图利转售，却又无可奈何……

第20集 鬼屋杀人事件

　　步美某日经过传说中的鬼屋，而且还看到屋内有鬼火，于是了到鬼屋探险的念头，便和柯南、光彦还有元太一起出动。这个传说中的鬼屋，因为屋主被杀后，其它的家人就突然间不知去向，于是许多闹鬼的传说就此传开……

第21集 电视剧外景队杀人事件

　　毛利小五郎担任某一侦探连续剧的顾问，由于剧情需要一行人前往米花神社拍外景。可是摄影助手安西却利用拍照片私下对工作人员进行要挟，令大家很反感，可是，深夜他竟然被人杀死在米花神社了。

第22集 豪华客轮连续杀人事件（前编）

　　毛利三人因阴错阳差搭上了旗本家族包下的豪华客轮离开度假的荒岛。船上除了毛利三人外，就是旗本一家人以及一位管家共十人。晚餐时，旗本家的豪藏老爷却在自己的房间中被人杀害了，大家怀疑是入赘的次孙女婿武因报家仇而杀人，并将其软禁；接着入赘的长孙婿：龙男也被人残忍地杀死在船甲板上，而被囚禁的武却不知所踪……

第23集 豪华客轮连续杀人事件（后篇）

　　然而航行中却发生了连续杀人案件，凶手就在船上，但是船上的人竟全是同一家族，什么原因引发杀机，是世代恩仇或是庞大财产的诱惑？旗本一家人开始互相猜忌，攻击指责家人的种种隐私，但就在这时，长孙一郎也在洗手间内遭到凶手的袭击，遇刺受伤了……在这艘豪华游船上，暴露了世代恩怨与庞大家族财产交织出的人性最黑暗的一面！

第24集 丧失记忆的美少女事件

　　小五郎以前逮捕的嫌疑犯从看守所里逃狱了。犯人会狙杀小五郎吗？小兰和柯南为此特意保护小五郎。这时他们遇上了一位失忆的女子。

第25集 真假人质绑票案

　　小兰的同学被绑架了。犯人要求5亿元的赎金，而被绑架的直子的父亲却出不了这么多钱。这时直子被绑架时所乘的车子被发现沉在了海里。

第26集 爱犬约翰杀人事件

　　跟新一从小就很熟的狗约翰在主人坂口不在时咬死了人。柯南开始推理约翰为何会咬死人……经过调查……柯南发现这原来是一个利用狗来做杀人工具的阴险杀人事件。

第27集 小五郎同学会杀人事件（前篇）

　　小五郎带着兰和柯南去参加大学同学会。他们约好去看烟花大会，在中途回到旅馆时，小五郎的同学已经头部中枪死亡了。死去的是同在旅馆参加同学会的由美。

第28集 小五郎同学会杀人事件（后编）

　　乍看之下像是自杀，但小五郎和柯南发现可能是他杀而重新推理。小五郎誓称要找出凶手！欢乐的聚会中，暗藏杀机，情爱的纠葛造成终生的悔恨……

第29集 电脑杀人事件

　　大木田社长在睡眠之中心脏病发死亡。因为头一天小五郎送过大木田名片，于是他带着小兰、柯南去了大木田家。

第30集 不在场证明杀人事件

　　巽氏律师雇用毛利侦探来调查妻子的外遇，整个事件展开调查时，却传来巽氏律师妻子遭人杀害的消息。可疑的巽氏律师有充分不在场证明，整个案件貌似陷入胶着状态。但是柯南却发现，这件看似天衣无缝的完美杀人事件中，留下足以致命的破绽－－案件发生时巽氏正和小五郎等人会面，而巽氏妻子外遇的对象却在那前后到过巽氏家。

第31集 电视台杀人事件

　　毛利小五郎被电视台邀请为嘉宾，参与制作现场直播的侦探节目。当节目播完后，却发现这家电视台的制作人——诹访道彦离奇死亡，而嫌疑最大的人就是节目的主播松尾贵史。但是录制节目的场地在9楼，死亡地点在4楼，松尾贵史在录制节目期间只离开了4分钟，他究竟是怎样做到的呢？柯南开始了他的侦察……

第32集 咖啡厅杀人事件

　　兰谎称与新一约会出门去了。柯南为此特意跟踪兰到了咖啡厅。正当他在猜想和兰约会的人是谁时，又一个杀人事件发生了……而与柯南“并肩作战”的竟是兰的母亲——妃英理。

第33集 侦探团生还事件

　　博士送给少年侦探团一张藏宝图，侦探团开始寻宝。在山中探险时遇到了可疑的2人组。侦探团越过重重阻碍，终于在那2人之前找到了这个神秘的宝藏……

第34集 山庄绷带怪人杀人事件（前篇）

　　到园子家别墅玩的小兰和柯南在别墅前见到一个包着绷带的恐怖人物。在别墅里聚会的是园子的姐姐绫子大学里的小组同伴们。

第35集 山庄绷带怪人杀人事件（后编）

　　此后一连串的杀人事件陆续发生，园子的姐姐绫子大学里的小组同伴们中的知佳子被杀了，小兰也遭到了袭击！所有对外联络管道也全遭破坏，柯南一行人如何脱离险境……风光明媚的度假别墅，暗藏危险的复仇计划！绷带男子究竟是什么人？

第36集 周一晚七点半杀人事件

　　步美去牙医泽木叶子那里拔牙。晚上七点半时发生了杀人事件。第一发现者是给步美治牙的医生。虽然调查发现这位牙医有动机，但步美却成了她不在场的证明……

第37集 仙人掌花杀人事件

　　有位名叫冈谷纪子的女子来拜访小五郎的事务所。她委托小五郎寻找她在旅行时遇到的北川先生，并且带来了画像。看到画像的柯南产生了疑问，于是到冈谷家进行调查。

第38集 红鬼村火祭杀人事件

　　小五郎受托跟踪某个男子。次日从新闻中听到，所跟踪的男子被火烧死了。调查发现，委托跟踪的人和被害者是相识二十多年的老友，他们之间有一个关于5亿元保险金的赌。数十年朋友的情谊，终抵不过巨额金钱的诱惑……

第39集 企业家千金杀人事件（前篇）

　　四井集团会长为独生女丽花办生日派对，场地在郊外的豪华别墅，毛利以贵宾身份，带柯南、小兰一同出席。小五郎、小兰和柯南参加完派对要回去时，客人们的几辆汽车突然爆炸了。因此小五郎等人和会长千金一起留在别墅里。

第40集 企业家千金杀人事件（后编）

　　此后，丽花不见了，然后又发现了二阶堂被溺死的尸体。小五郎和柯南发现了失踪了的丽花的溺死的尸体。这时，小兰又遭到了袭击。凶手是谁？究竟是用何种手法连续犯案的？生命转动轮回的序曲，善因恶果终将降临……

第41集 优胜锦旗被割事件

　　小五郎长去的一家饮食店老板的儿子参加了棒球比赛。小五郎、小兰、柯南去给他加油。这时，修好学园地区大赛的优胜锦旗不知被什么人割裂了，校长说要退出比赛，小五郎能否找出犯人？

第42集 卡拉OK歌厅杀人事件

　　园子获得可以和超人气组合REX一起唱卡拉OK 的机会。小兰和柯南也受邀一同前去，但卡拉OK唱完后，REX的主唱木村达也却被毒死了。

第43集 江户川柯南诱拐事件

　　一位自称柯南母亲的妇人，到侦探事务所要带柯南回家，但她不是柯南的妈妈！是带假面的黑衣男子的同伙吗？柯南虽然知道是骗局，又碍于毛利和小兰而不敢揭穿，只好随着妇人离去。在无意中偷听到这对神秘男女的不法勾当和手上握有恢复柯南原形的解药……若隐若现的神秘解药，柯南展开冒险侦察行动!

第44集 崛田三兄弟杀人事件

　　因为恰好路过的小小五郎帮助了车子坏掉的崛田重工的社长崛田氏，他们被招待去崛田的别墅。然后，去查看突然的爆炸声的崛田死去了。

第45集 敷面膜杀人事件

　　吃完饭要回家的小五郎因为车子被撞坏了，便打手机给司机泉武雄。没想到接电话的却是目暮警部。泉和小小五郎被叫到现场，看到一位已经死去的女性……

第46集 雪山山庄杀人事件

　　小兰一行人去滑雪。因为他们不小心丢了租的别墅的钥匙，便到外科教授大山将的别墅借宿。因为在房间看电视的大山教授一直没有回来，众人去看时，大山教授已经被残忍的杀害了……

第47集 体育俱乐部杀人事件

　　柯南等被选中成为运动俱乐部的嘉宾客人。当晚他们接到目暮警部录在的答录机里的电话，因此前往运动俱乐部免费娱乐。其间柯南目睹了西条直也与成濑、木岛以及俱乐部主席佐伯丽子的争执。当晚，西条就被杀害了，凶手到底是谁？柯南在目击证人画下的西条的最后一跳中发现了破绽……

第48集 外交官杀人事件（前编）

　　突然有个叫服部平次的关西人来到小五郎的事务所。这时正好有委托人上门。当大家到达委托人家时，主人达村外交官已经死了。服部平次收集了密室杀人的证据并据此推理。柯南因为重感冒倒下了。

第49集 外交官杀人事件（后编）

　　服部平次用推理逼出凶手。虽然连凶手自己也承认了，但突然有声音说：“不对，凶手不是他！”——说这话的人竟然是新一！新一指出了服部的推理错误，揭示了真正的凶手。可是，在这之后，工藤新一又一次消失了……

第50集 图书馆杀人事件

　　少年侦探团到米花图书馆看书，正好遇到来搜查失踪的馆员玉田的目暮警部。在馆内没有搜到玉田，少年侦探团夜里偷偷潜入寻找玉田，结果却发现了玉田的尸体。充满诡谲的图书馆中到底隐藏什么秘密？正当他们无意中发现图书馆馆长的阴谋，准备揭发其罪行时竟遭到追杀……这会是江户川柯南的最后一个案件吗？

第51集 高尔夫练习场杀人事件

　　小五郎被冲野洋子推荐参加高尔夫球比赛。为此小五郎特地一大早到高尔夫球场练习。练习中突然有爆炸声，有一个一直在旁边练球的公司职员被炸死了。

第52集 《雾天狗传说杀人事件》1小时特别篇

　　柯南、小兰与毛利小五郎一起去赏樱花，却因故借宿在一间寺庙里。寂静的寺庙中，传说有妖怪--雾天狗出没。果然，庙寺的住持，隔天被发现吊死于房中，由于死亡的方式非一般凶手所能做到，更使整个案情陷入迷雾。和尚的死法简直就像被雾天狗杀死一样，2年前虽然也发生过同样的事情，但是警察却认定为自杀。但是，对自杀的观点保有怀疑态度的柯南，准备迎接这个天大诡计的挑战……古老的传说加上鬼怪悬疑的寺庙，其中到底有何不为人知的秘密……

第53集 迷样的凶器杀人事件

　　柯南与小兰、小五郎在悠闲散步时听到了惨叫声，赶去声音传来的公寓看时，却发现井本氏已经在阳台上死了……

第54集 电玩公司杀人事件

　　满天堂公司制作了“毛利小五郎 推理之馆”的游戏并由小五郎监制，同时邀请参加在米花饭店召开的新作发表会。热闹的会场突然发生爆炸，并且有人当场遇害，柯南亲眼目睹爆炸过程，且无意间发现追查已久的黑衣组织成员也涉案其中。满目疮痍的会场，烟雾弥漫，柯南能拨开迷雾查出真相吗？

第55集 列车圈套杀人事件

　　小五郎等人参加完温泉旅行乘电车回来时，旁边坐席上正好是住在同一饭店的医生团体游客中的两人。等待换乘电车的一端时间里，其他车厢里有个男人被杀了。

第56集 清洁公司杀人事件

　　清洁公司的董事藤井被杀了。正好在现场附近的柯南等赶去查看。小五郎和目暮警部也一同在调查清洁公司。凶手杀人的手法到底是什么？

第57集 福尔摩斯迷杀人事件（前编）

　　柯南入选福尔摩斯迷聚会，同小五郎、小兰一同前去。到了旅馆却发现参加者中还有服部平次。第二天，策划聚会的金谷连车坠入海中。紧接着参加者大木也被杀害了！

第58集 福尔摩斯迷杀人事件（后编）

　　紧接着参加者大木也被杀害了！旅馆又出现了牺牲者！柯南等开始推理。看到正在推理的柯南，平次怀疑他是否真的就是新一。柯南的真实身份是否会穿帮？凶手究竟是谁？

第59集 首次跑腿杀人事件

　　米花町举行了“首次跑腿”大赛。少年侦探团作为记录者也参与其中，任务是追随步美家附近的阿宏。阿宏不知被什么人狙击，然后就失踪了。

第60集 插画画家杀人事件

　　画家花冈要出画集了。因为打算在卷末登载与小五郎的对谈，于是请小五郎来到他的设计事务所。花冈终于到来时，对面公寓住的蝶野小姐从公寓楼上坠楼身亡了。

第61集 幽灵船杀人事件（前编）

　　7年前因载运黄金遇暴风雨而沉没的龙神号出现在了敷岛的海面上。小五郎等人因为被邀请演讲而到了敷岛，并接受村长委托寻找龙神号，却在演讲会场上遭到了狙击，当晚再次受到狙击而追击犯人的小五郎却被当成了杀死滨田的凶手……

第62集 幽灵船杀人事件（后编）

　　小五郎杀害灯台职员滨田的嫌疑被柯南洗脱了。柯南到了一个岛上的人都不接近的水军洞窟，跟岛上的一个女孩子一同进入时，发现里面有具男人的尸体！

第63集 大怪兽哥美拉杀人事件

　　少年侦探团跟阿笠博士一起去电影“哥梅拉”的拍摄现场，由博士的朋友带着参观。这时，哥梅拉的演员被刀刺伤，电影制作人被哥梅拉杀死，柯南看透了案件的真相……

第64集 第三个指纹杀人事件

　　大叔被叫去前辈寺冈警部家中。他们在庭院中享受烧烤时，寺冈的手机响了，对方声称杀了集团的干部。寺冈要劝其自首，小五郎也一同前去。可是当小五郎到达时，却发现对方已死亡，据寺冈所说那人是死于意外……真的是这样吗？这起看似意外的死亡事件，背后实际隐藏着丑陋的内幕！

第65集 螃蟹与鲸鱼绑架事件

　　小五郎等人到饭店吃饭。柯南发现一个可疑的男人，那个男人说是儿子被绑架而身怀赎金。柯南等为了探听详细的情况尾随那个男人到了他家，后来又接到了奇怪的暗号……

第66集 夜路杀人事件

　　小五郎等到外面的店吃完饭时，遇到了大学时代的同学。因为有事商量，他们一同到了大村的公寓。在屋里喝茶说话时，窗户玻璃突然碎了，楼下的马路上有个男人倒地身亡。

第67集 舞台女演员杀人事件

　　大叔的师傅突然出现在事务所。有剧团因为被恐吓而委托小五郎去查看，兰和柯南也一起去了。舞台表演中，女主角演员大出被杀害了……

第68集 暗夜公爵杀人事件（事件编）

　　小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆参加推理之旅。活动规定，如果能够找出推理之旅的主办人就可以免费住宿，并可获得一个包含某种病毒程序的磁盘。不知什么人扮成暗夜公爵把柯南从栏杆上推了下去！

第69集 黑夜的怪男爵杀人事件（疑惑篇）

　　不知什么人扮成暗夜公爵把柯南从栏杆上推下去！小五郎等人去参加伊豆推理之旅。当晚，带着假面的江原从饭店楼上坠楼！警察认为是意外死亡。这真的只是意外吗？而后有个暗夜公爵打扮的人出现在柯南面前。

第70集 黑夜的怪男爵杀人事件（解决篇）

　　警察认为是事故死亡。而后有个暗夜公爵打扮的人出现在柯南面前。然后，兰怀疑扮成暗夜公爵的人是前田，想起了新一以前说过的话。柯南推理出杀害江原的凶手就在这次参加推理之旅的客人之中！究竟是谁？？？

第71集 米花之狼杀人事件

　　小五郎在散步的途中，听到惨叫而赶过去看，一个男人痛苦死亡。后来得知那个男人在纠缠死亡现场附近的一位女子……

第72集 三胞胎别墅杀人事件

　　园子邀柯南与小兰至家中别墅度假，富泽财阀的别墅也建在旁边，园子和富泽家的三公子订有婚约。当晚，发生停电，而向外看时，正好目击到富泽的父亲被杀害的现场，小兰亲眼目睹了凶手的面貌，但嫌犯竟是死者的儿子，且三人长得一模一样……

第73集 少年侦探队遇难事件

　　柯南、小兰与少年侦探团成员一起至海边游玩，无意间遇到一对男女朋友，由于其男友的行径古怪，令人感到怀疑；观察力敏锐的柯南，看出一起谋杀计划正悄悄的进行，到底谁是凶手预定杀害的目标，少年侦探团亦被卷入谋杀案中……

第74集 死神阵内杀人事件

　　小五郎一行人去观看了电影《死神阵内》。出演死神阵内的南条隼人接到了要来取他性命的预告函。小五郎接受其妻委托到事务所保护南条……

第75集 金融公司社长杀人事件

　　小五郎打麻将三缺一，打算叫喜欢麻将的肥田出来。可左等右等肥田都没出现，因此决定到肥田的金融公司去看个究竟。当他们到达肥田的住所时却发现肥田已经死亡……

第76集 《柯南对怪盗基德》1小时特别篇

　　铃木家收到了怪盗基德发出的要来偷取将在米花博物馆展出的黑珍珠的预告函，并且还发出时间、地点、通知函，行径非常嚣张。企业集团董事长感到非常慌张而拜托毛利小五郎侦查此案，宝物在警方重重戒备保护之下，怪盗要如何避开警方的封锁，下手盗取宝物？柯南解读了预告函向怪盗基德的现身地冲去。其后，基德又发出一封要在游艇宴会上偷取黑珍珠的预告函……一场名侦探VS怪盗的好戏即将展开……

第77集 名门连续惨死事件（前编）

　　小五郎接受了长门集团会长长门道三寻找初恋情人的委托，来到长门家。正好遇上会长老朋友服部平藏也在那里。在会长寿辰上，其子秀臣和日向幸订下婚约。

第78集 名门连续惨死事件（后编）

　　而就在这幸福的时刻，杀人事件发生了。柯南和平次推理起这起由寻找初恋情人开头的事件。判定犯人的决定性证据是……与过去事件息息相关的真相被揭开……

第79集 银行强盗杀人事件

　　受小五郎之托，柯南、小兰和园子来到银行。抢匪冲进了银行，并向银行职员开了枪……

第80集 流浪画家杀人事件

　　少年侦探团把一名丧失记忆的画家送进了医院。其后，少年侦探团在空地上玩耍时却发现了那名画家的尸体……

第81集 当红歌星绑架事件（前篇）

　　高山南和永野椎菜的演唱组合“TWO-MIX”开现场演唱会的那天，在演唱会场的武道馆玩的少年侦探团遇到了人气偶像高山难，那时就在柯南他们的面前，高山南被绑架了……

第82集 当红艺人绑架事件（后编）

　　柯南假扮步美追踪到了犯人所在的仓库，发现歹徒所要求交赎的物品中有一张神秘的乐谱，乐谱中的歌词竟然牵扯到一件杀人灭口的阴谋，而少年侦探团的其他成员却被另一名犯人抓住，在这危机时刻，犯人掏出了手枪……

第83集 综合医院杀人事件

　　因为脚骨折而住进医院的小五郎夜夜目击了一个杀人现场。但是因为没有发生杀人事件，小五郎的目击被当作幻觉。终于有一个晚上，杀人事件发生了……

第84集 滑雪别墅杀人事件（前编）

　　园子、小兰和柯南一同上山滑雪度假，恰巧在别墅中遇到以前帝丹小学的班主任老师一起在别墅里过夜。入夜后的山上风雨交加，交通困难，别墅中园子和老师却遭到凶手连续的攻击，而且，在玄关的外面发现了遗体。

第85集 滑雪别墅杀人事件（后编）

　　正当柯南进行调查时，又发生了谋杀案，有下田先生在内的几个人被杀害了。凶手的杀人计划似乎继续进行着，手写的MI NA KO的字样，犯人仍然在别墅里。别墅中所有的人正陷入极端的危险之中，小兰阻止了犯人……

第86集 诱拐现场特定事件

　　在光彦的窃听器上听到了一段听上去像是绑架事件的对话。于是少年侦探团马上根据窃听器开始寻找犯人的所在……

第87集 白鹤报恩杀人事件

　　小五郎他们为了看丹顶鹤去了北海道。在看丹顶鹤认识了町田修造，住到了他家。他的家里人为了遗产分配而争吵，然后町田被杀害了……

第88集 德修拉别墅杀人事件（前编）

　　柯南与毛利小五郎等人受名小说家虎昌先生委托调查其妻子的外遇事件，小五郎去了被称为吸血鬼山庄的虎昌家。小五郎在那里留宿，不料在书房发生了密室杀人事件，虎昌先生突然惨遭杀害。由于凶案现场外积雪已深，却未留下任何脚印，使得案情疑云重重。

第89集 德修拉别墅杀人事件（后编）

　　通向书房的走廊是不可能通过的，因为有人走过的话柯南他们一定会知道。而且因为雪已经停了，也没有脚印。犯人是怎样到书房的呢？在大家都将凶嫌箭头指向搞外遇的妻子和情夫时，柯南却看出破绽，一桩多年前的恩怨，埋下了愤恨的杀机……

第90集 花香杀人事件

　　冈野利香的世界艺术大奖的获奖庆贺Party上小五郎也在被邀请之列。在那几天前，冈野利香曾收到恐吓信，结果在那里发生了杀人事件……

第91集 抢匪住院事件

　　小五郎因为腿骨折住进了医院。隔壁病床来探望父亲的儿子关根行动很可疑。柯南推理出了关根是因为女儿被绑架遭到了胁迫。同房间的另一个人的真实面目又是什么呢？

第92集 恐怖爬山杀人事件（前编）

　　潮文造雇用职业杀手——银狐来暗杀自己，以提高知名度，事后却发现自己已经身患癌症。于是千方百计托人寻找银狐希望能够取消暗杀计划，可是却一直无法联络上银狐。潮氏委托小五郎保护，并抓到银狐。然后第二天，柯南他们就陪同潮一起去登山。平井被杀害了。

第93集 恐怖爬山杀人事件（后编）

　　潮氏拜托毛利小五郎出面并设计一次爬山活动，希望能抓到银狐。毛利一行人于是参加这次恐怖的爬山行动，结果竟然有人惨遭杀害，但死者却不是潮文造。小五郎也遭到袭击，三枝也被杀了。背包里留下了一捆钱！柯南开始推理这个不可思议的时间。银狐的真面目到底是谁呢……

第94集 雪女传说杀人事件

　　柯南与毛利侦探一行人至山上滑雪，意外遇上电影女明星明子和洋子，而偕伴同行。途中竟碰上传说中的雪女，所有的人均惊讶万分。此时女明星明子竟留下遗书自杀身亡，令人百思不得其解。而整个案子正将以自杀结案时，柯南却看出破绽，一件故布疑阵的杀人事件之事实真相缓缓浮现……

第95集 小五郎约会杀人事件

　　小五郎和多年不见的老朋友一起出去喝酒，回家的途中遇上了在事务所楼下咖啡厅见过几次面的岛村佐知子。之后佐知子邀请小五郎一起去兜风。当他们来到佐知子的住所时，却发现她的室友竹中和美被杀了，佐知子因为和小五郎去兜风所以有了不在场证明……

第96集 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件

　　魔术师九十九元康的妻子来到了小五郎的事务所。她觉得1个星期前被认为是自杀的丈夫是不可能自杀的，希望小五郎尽快调查现场……。柯南在那里看到了有暗号的memo和被牌遮住的电话推理出了真正的犯人。兰在看到以前的影集时发现柯南和新一小时后一模一样。相信柯南就是新一所以把柯南带到了新一家门口！正在这个时候有希子回来了。次日柯南和有希子一起去了有希子的同学薮内家，薮内家正在为了遗产而起纷争。这次解决案件的却是……

第97集 离别美酒杀人事件

　　收到市川产业的会长的委托而且参加了在会长家开的party的小五郎他们，为了确定公司的继承人调查了会长的女儿们。这个时候会长倒下死了……而且是因为一直以来的心脏病突发而死的……真的是这样吗？

第98集 名陶艺家杀人事件（前编）

　　小五郎他们接到了陶艺家的菊右卫门说“到我家来一次”的电话， 为了让小五郎看他的新作“风水丸”，土屋益子（菊右卫门的儿媳）去仓库拿的时候不小心打破了。第二天早上，从仓库里传出了陶器的破碎声，大家跑过去的时候发现土屋上吊死了。

第99集 名陶艺家杀人事件（后编）

　　土屋益子虽然被认为是因为打破了“风水丸”而自尽的，柯南在看到现场的血迹时觉得奇怪，于是开始推理出犯人。凶手究竟是用什么手法杀人的呢？

第100集 初恋情人回忆事件（前编）

　　去新一家大扫除的兰和园子和柯南。在那里碰到了来找新一的中学时代的学姐内田麻美。因为召开推理研究会，所以连小五郎都被邀请了。那天晚上别墅发生火灾，而别墅中只留下了麻美学姐一个人。

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