由于离岛医师一向流动性很大，因此居民们多半对他采取怀疑而不友善的态度。即使如此，五岛医师仍本着以生命为尊的信念，与同样充满正义感的护士彩佳（柴崎幸饰演），在有限的资源下灌注热情，两人三脚共同面对一切病魔！

　　“小孤岛大医生”改编自第49回小学馆漫画赏作品，在日本播出时平均收视率高达18.9％，最终回更一路飙升到22.3％，轻松荣登2003年日剧暑假档冠军宝座！而剧中虚构的志木那岛外景部分，则选择在日本最西边、距台湾仅111公里远的冲绳与那国岛拍摄。美丽未受污染的海洋与珊瑚礁、岛上纯朴浓厚的人情味，均完整呈现在“小孤岛大医生”当中。

　　至于全剧灵魂人物，则分别请到“来自北国”的吉冈秀隆，以及“从天而降亿万颗星星”“鬼来电”新生代女星柴崎幸诠释男女主角；同时搭配大冢宁宁、石田百合子、笕利夫、小林薰…等实力派演员，让表演层次更加丰富。而中岛美雪深具画龙点睛效果的主题曲，也增添了“小孤岛大医生”平实中散发温暖光芒的感动，值得仔细倾听。

　　志木那岛上缺乏医生，村公所的课长星野正一（小林薰饰）20年来不断到日本本土寻找愿意到离岛驻诊的医生。这次星野找到了东京某大学医院的医生五岛健助（吉冈秀隆饰）到岛上来，健助在航程6小时的船上吐得七荤八素的事，早已传遍全村，再加上大家对以往医生的不信任，让健助在岛上备受质疑及冷淡。星野的女儿彩佳（柴崎幸饰）是岛上唯一的护士，连她也对健助十分冷淡，让健助有些沮丧。

　　一日，健助在海边遇见开酒店的茉莉子（大冢宁宁饰），也撞见要藏石头的邦夫等小孩，原来邦夫等人正要藏测试勇气用的萤光石，第二天由渔夫原刚利（时任三郎饰）的儿子刚洋去寻找。

　　但刚洋早已腹痛，为了怕大家笑他，只好强忍疼痛去寻找石头。邦夫因不放心前去探视刚洋，才发现刚洋已经倒卧在地。邦夫慌张求救，健助飞奔而来，发现刚洋得急性阑尾炎，而且可能并发腹膜炎，必须紧急开刀，但刚利却因不信任健助，执意带刚洋搭船去本土医院就医，不得已的健助，只好找彩佳和诊疗所事务长和田一范（笕利夫饰）带着医疗器材一同上船，力劝刚利让他为刚洋在海上动紧急手术…

第二集

　　东京某大学医院的医生五岛健助（吉冈秀隆饰）虽然来到志木那岛上，但在船上紧急帮刚洋开刀的事却传为恶谈，依旧没人敢来就诊。

　　一日，健助发现岛上著名的产婆内婆婆（千石规子饰）眼角有黄肿现象，甚为担心，但内婆婆不愿意做检查。健助不得已只好偕护士彩佳（柴崎幸饰）不请自来到内婆婆家出诊，正好撞见内婆婆与从本土回来探视的儿子阿诚吵架，激动的内婆婆病痛发作，紧急送到诊疗所诊断，健助判断内婆婆得的是大动脉瘤，最好赶快开刀，但内婆婆坚持不肯离开岛上。就在僵持不下时，内婆婆的大动脉瘤有破裂的危险，若不尽快开刀，将有生命危险。

　　然而岛上并没有足够的血浆可以动手术，健助去求渔会的人帮忙，却遭渔会会长阿重（泉谷茂饰）阻止大家去捐血。刚洋的爸爸原刚利（时任三郎饰）也不肯相信健助，迳自离去，让健助不知如何是好。

　　就在危急之时，茉莉子（大冢宁宁饰）带着小孩们和妈妈们来帮忙，众人坚持要捐血帮内婆婆度过险境，于是健助开始了超级困难的手术…

第三集

　　五岛健助（吉冈秀隆饰）到志木那岛来当医生以后，先后救了刚洋和内婆婆（千石规子饰），开始得到村民的信赖，诊疗所也出现了求诊人潮。

　　一日，村公所的职员土反野的太太由佳里（樱井幸子饰），怀孕29周，发生浮肿现象，后来发生子癫症而陷入昏迷，健助立刻打电话给东京的原泽?（石田百合子饰）征询意见，原泽认为应该立即开刀取出胎儿，否则母亲性命将不保。

　　希望母子均获救的健助，到处打电话请医院收容，但碍于搬运的风险，让许多医院都拒绝收容，而由佳里的情况越来越危险，四处求援不成的健助只好打算开刀，牺牲小孩以营救由佳里。

　　就在这紧要关头，原刚利（时任三郎饰）前来责问健助为何对小宝宝见死不救，这一记当头棒喝让健助在开刀前最后一刻决定喊停，再向本土的医院求援一次....

第四集

　　国会议员户田雄一郎（龙雷太饰）带着志木那岛出身的秘书安部纯一（井泽健饰）来到岛上，希望说服岛民同意在岛上盖大型垃圾处理场。但纯一是个孝子，因为母亲广子脚痛无法来向议员问候，于是特地带议员回家探视母亲，但议员催促纯一快走，心慌的纯一不慎撞倒旧木板，让广子的脚被旧铁钉戳伤，广子为了不耽误纯一，故意隐瞒伤势叫纯一快走，不知情的纯一只好载着议员离去。

　　由纪（木村佳乃饰）是原泽（石田百合子饰）的学妹，也是户田议员之女。她在美国学医返回日本，听说孤岛医生的事，特地来岛上造访五岛健助（吉冈秀隆饰），但由纪热情的举动让彩佳（柴崎幸饰）相当不悦。

　　广子的伤势恶化，不放心的纯一回家探望时，广子的脚已经因感染细菌而坏死。纯一赶紧将母亲送到诊疗所，健助却因为感冒在昏睡，于是由纪代替健助帮广子诊断出必须截肢才能得救，让纯一非常自责。所幸后来健助诊断后，认为不必截肢，和由纪一同帮广子开刀救治。

　　当议员正在鼓吹岛民同意建造垃圾处理场时，原刚利（时任三郎饰）前来阻止，议员却在此时突然倒地不起....

第五集

　　国会议员户田雄一郎（龙雷太饰）带着志木那岛出身的秘书安部纯一（井泽健饰）来到岛上，希望说服岛民同意在岛上盖大型垃圾处理场。议员在演讲时，原刚利（时任三郎饰）前来阻止，议员却在此时突然倒地不起，众人于是将他送往岛上的诊疗所急救。

　　议员被诊断出得的是尿道结石，但议员的女儿由纪（木村佳乃饰）阻止健助（吉冈秀隆饰）在众人面前说出父亲的病名，希望藉此让利欲薰心的父亲在诊疗所住院,重新审视自己的所作所为。

　　纯一的母亲广子误以为议员离罹患癌症，甚至不顾自己的脚伤，前去帮议员求平安符，彩佳（柴崎幸饰）对由纪故意误导大家的做法相当不以为然，与由纪发生口角。

　　而议员也以为自己得了绝症，整整2天不吃不喝，让由纪对自己的作法开始动摇。结果议员终于反省了自己的行径，对广子等人道歉，也决定放弃在岛上建设垃圾处理场的计划，让由纪和健助等人非常欣慰....

第六集

　　茉莉子（大冢宁宁饰）的儿子小龙因为想念母亲，只身从东京到志木那岛来，但茉莉子害怕自己到时候会舍不得离开小龙，而故意对小龙非常冷淡。小龙不得已只好到五岛健助（吉冈秀隆饰）的诊疗所借住。翌日，原刚利（时任三郎饰）好意要刚洋带小龙去玩，但小龙却闷不吭声，让因考试心情不好的刚洋也不太想理他，独自离去的小龙不慎摔落山谷，肋骨骨折。刚洋回家挨刚利骂，负气去找小龙。

　　健助受刚洋之托，一起去找小龙，但就在发现小龙受伤之际，刚洋也不慎跌落山谷，而为了救刚洋的健助也因此右肩脱臼，脚也骨折。眼看已天黑，3人却受困山谷，刚洋决定独自去求救，而刚利正好也带着渔会的人前来找人，终于找到刚洋，救出了健助和小龙。

　　好不容易回到诊疗所的健助，却因自己的伤势无法开刀，彩佳（柴崎幸饰）只好挑起大梁执刀...

第七集

　　志木那岛的渔会长安藤重雄（泉谷茂饰）召集众人去港口迎接在东京当美容师，暌违一年才回到岛上的心爱女儿梨香（伊藤步饰），没想到梨香却大着肚子回来，让阿重气得拉着梨香去诊疗所，找五岛健助（吉冈秀隆饰）帮梨香做检查，父女间也发生严重冲突。

　　从小一起长大的好友彩佳（柴崎幸饰）向梨香询问怀孕的原委，但梨香不领情，两人也发生口角。一日，孤岛发现梨香在海边，以为梨香想不开急着去劝阻，却摔个四脚朝天，孤岛还鼓励梨香要生个健康的宝宝，让梨香非常感动。

　　茉莉子（大冢宁宁饰）等众人前来劝阿重接受事实，不料父女再度发生冲突，阿重忿而离去，此时梨香突然阵痛，送往诊疗所。内婆婆（千石规子饰）担心梨香会早产，结果因台风来袭，诊疗所停电，在黑暗中，梨香的羊水破了，孩子出生在即却找不到阿重，原来阿重冒着风雨出海失去联络。为了不让梨香担心，孤岛骗梨香阿重已在来的途中。后来梨香顺利产下一男婴，而出海为孕妇抓鱼的阿重也平安归来，众人才松了一口气。此时先前弃梨香于不顾的男友阿彻（柏原收史饰）突然出现，要求和梨香复合，但梨香却拒绝阿彻，决定留在岛上…

第八集

　　诊疗所的和田（笕利夫饰）到本土出差研习，回程在船上巧遇原泽（石田百合子饰），原以为遇到了自己的真命天女，后来才知道她是孤岛医生五岛健助（吉冈秀隆饰）的医生女友，让和田大失所望。

　　原来原泽在东京被同医院的柏木医生追求，希望一起前往美国生活，希望孤岛能给她一个答覆。

　　而此时孤岛诊断出平时健朗的明爷爷，竟然得了S状结肠癌，于是希望明爷爷能在本土设备完善的医院进行手术治疗，但明爷爷却希望留在岛上，由孤岛帮他开刀。

　　原泽也认为诊疗所的设备及人员皆不足，反对在诊疗所开刀，但孤岛为了帮明爷爷完成心愿，仍然请小?当助手，一起为明爷爷开刀。然而孤岛切开明爷爷的腹腔后，才发现癌细胞已经转移到肝脏，淋巴结等部位，并引发腹膜炎，已经回天乏术，孤岛不得已只好将明爷爷的腹腔再度缝合。

　　为了让明爷爷能安详度过晚年，孤岛让明爷爷回家静养，结果明爷爷最终还是敌不过病魔，让孤岛非常伤心，而原泽在感佩孤岛深获岛民的信赖之余，也决定放弃说服孤岛而独自回东京去…

第九集

　　一日，岛上来了一名杂志社记者巽谦司，向岛民打听孤岛医生，人称“孤岛”的五岛健助（吉冈秀隆饰）的事，表示希望报导这位医生，大家不疑有他，纷纷告诉他孤岛的事迹。不料巽却出示自己以前撰写孤岛在东京的大学医院，曾因延误医治而让一名17岁高中女生死亡的报导，让岛上村民人心惶惶。

　　孤岛请岛民们到村公所集合，决定告诉大家真相。但刚洋、信一、邦夫及纯平等孩子们为了袒护孤岛，在半路拦截前往村公所的巽。因为下着豪雨，巽请孩子们到车里面谈，不久便土石坍方压落车子，巽及信一都因而受伤。

　　赶来营救的自卫队及村民，合力将众人救出车外，才发现雨伞穿过了信一的身体。孤岛原本想马上为他动手术，却发现巽颅内受伤更为严重，必须马上开刀才能救回一命，于是决定先帮巽开刀，但村民们不懂孤岛的用意，与孤岛发生严重冲突…

第十集

　　杂志社记者巽谦司向岛民揭发人称“孤岛”的五岛健助（吉冈秀隆饰），以前在东京的大学医院，曾因延误医治，致使一名17岁高中女生死亡的事件。而就在孤岛向村民坦承的当天，发生土石坍塌意外，巽及信一都身受重伤，但孤岛决定先救危急的巽，让信一的父母及其他岛民相当不谅解。

　　大家又开始不信任孤岛，没有人愿意请他看病，渔会长阿重（泉谷茂饰）甚至要求孤岛在一星期内离开志木那岛。而此时东京的昭英大学附属医院，也要求孤岛回去帮忙味胃癌病人开刀。无意间得知此事的和田（笕利夫饰），表示如果孤岛离去，他也将离岛去旅行。

　　不久，彩佳（柴崎幸饰）一早到诊疗所上班时才发现孤岛已留下辞呈不告而别。采佳的父亲星野（小林薰饰）也为自己硬带孤岛来到岛上，如今却让他独自离去感到非常自责…

第十一集

　　人称孤岛的五岛医生（吉冈秀隆饰）辞去志木那岛诊疗所的工作，回到东京昭英大学附属医院，为罹患胃癌的自明党熊谷干事长动手术。此时星野（小林薰饰）为孤岛离去的事感到自责，忧烦不已竟然吐血，让女儿彩佳（柴崎幸饰）及阿重（泉谷茂饰）等人甚为担心。彩佳担心父亲得了胃癌，打电话向孤岛报告，孤岛虽然担心，却也无能为力。

　　孤岛在医院遇见当年的实习医生三上（山崎树范饰），而三上正好担任此次手术的助手，孤岛要求三上再做一次腹水细胞检查，以确保没有感染才能开刀，没想到三上故意隐瞒癌细胞已经感染的事实，让孤岛继续进行手术。

　　就在孤岛开始动刀后才赫然发现癌细胞已经扩散，但还是当机立断的以高明医术，迅速帮病患切除患部，让三上大为折服并感到惭愧。然而外科医师奥村(大和田伸也饰)却在手术大功告成时接手，并在记者会时宣称是自己执刀，想将功劳占为己有…